RPA技术主要依赖于三种酶:工业恒温机能结合单链核酸(寡核苷酸引物)的重组酶、单链DNA结合蛋白(SSB)和链置换DNA聚合酶。这三种酶的混合物在常温下也有活性,最佳反应温度在37°C左右。
常规PCR必须经过变性、退火、延伸三个步骤,而PCR仪本质上就是一个控制温度升降的设备。RPA反应的zui适温度在37℃-42℃之间,无需变性,在常温下即可进行。工业恒温机这无疑能大大加快PCR的速度。此外,工业恒温机由于不需要温控设备,RPA可以真正实现便携式的快速核酸检测。
链替代扩增 (SDA)
链替代扩增 (SDA) 技术是基于在靶DNA两端带有被化学修饰的限制性核酸内切酶识别序列,核酸内切酶在其识别位点将链DNA打开缺口,DNA聚合酶延伸缺口3`端并替代下一条DNA链。工业恒温机被替代下来的DNA单链可与引物结合并被DNA聚合酶延伸成双链。该过程不断反复进行,使靶序列被高效扩增。SDA的基本系统包括一种限制性内切酶、一种具有链置换活性的DNA聚合酶、两对引物、dNTP以及钙、镁离子和缓冲系统。
工业恒温机SDA的优点:
(1)扩增效率高
(2)反应时间短,特异性强,不需要特殊的设备
工业恒温机SDA的不足:
(1)SDA产物不均一,在SDA循环中总要产生一些单、双链产物,用电泳法检测时必然要出现拖尾现象。
(2)SDA产物不可能直接用于克隆、测序和表达
(3)SDA产物的检测手段有待提高,目前主要的方法是荧光偏振检测,需要用到荧光分光分光光度计,这限制了SDA在临床的广泛应用。
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